Denne fordeling er baseret på de overordnede prioriteter i Multi Annual Implementing Plan (MAIP).
For hver ansøgningsrunde udarbejdes en Annual Implementing Plan (AIP), som indeholder den konkrete fordeling af rundens midler mellem applikationsområderne. Derudover indeholde AIP udbudsmaterialet i form af de aktuelle emner der kan søges om, med udførlige beskrivelser af hvad projektet skal indebære.
Processen omkring ansøgninger og tildeling af midler i EU projekter strækker sig over en længere periode end vi kender det fra de danske programmer.
Efter ansøgningsfristen går der ca. 2 måneder før resultatet af evalueringerne er kendt og der udsendtes ’Initial Information Letters’. Herefter skal ansøgningerne rangeres og vurderes, og efter ca. tre måneder fortsætter nogle projekterne til forhandlinger om fordeling af midler mv. Såfremt forhandlingerne er succesfulde, kan der ca. 10 måneder efter ansøgningsfristen underskrives projektaftaler, hvorefter projekterne påbegyndes.
Man har fra programmet FCH JU’s side fokus på at forkorte behandlingstiden.

Dansk ’topping up’

Rammerne for FCH JU er således, at EU kommissionen bevilliger 50% af midler til et projekt. De resterende 50% er deltagernes egenfinansiering, som de selv skal skaffe. De danske aktører har dog en komparativ fordel når det gælder privat finansiering. De danske støtteprogrammer har mulighed for at bevillige danske midler til et europæisk projekt som supplement til de europæiske midler. Denne praksis kaldes for ’topping up’. De danske midler indgår som en del af de private midler i projektet og medfører dermed, at de danske aktører kan deltage i flere europæiske projekter og med en lavere risiko.
Fra de danske myndigheders side er gevinsten, at for en relativ lille dansk sum øges sandsynligheden for en potentiel dansk vækst på baggrund af danske projektdeltageres resultater.