Danmark har i EU fået en forpligtelse til at reducere sine nationale udledninger af drivhusgasser som CO2- og metan med mindst 20 procent i perioden 2005-2020. Denne regulering omfatter energiforbrug til opvarmning af boliger samt landbrugets og landtransportens udledninger af drivhusgasser.

Brændselscellesystemer, der bruges til lokal samproduktion af el og varme, kan bidrage væsentligt til at håndtere denne kortsigtede udfordring, fordi de brændselscellebaserede løsninger er mere energieffektive og miljøvenlige end eksisterende oliefyr og naturgaskedler. Mikrokraftvarmeanlæg, der benytter brint, omdannet med el fra vedvarende energianlæg, giver en særlig stor miljøgevinst.

På længere sigt vil energiteknologier som brint/elektrolyse og brændselsceller få endnu større betydning i bestræbelserne på at reducere de danske udledninger af drivhusgasser frem mod 2050 med mellem 80 og 95 procent, sådan som FN’s klimapanel IPCC har anbefalet.

Den danske brændselscelleindustri har i sin plan for markedsmodning af mikrokraftvarmeanlæg med brændselsceller beregnet, at et anlæg, der benytter brint eller andre VE-gasser som brændsel, vil spare omkring 8 tons CO2/år, mens et anlæg, der benytter naturgas, sparer knap 1,5 tons CO2/år, fordi de erstatter miljøbelastende energiproduktion. Ved en udbygning med ca. 400.000 mikrokraftvarmeanlæg, svarende til ca. halvdelen af de eksisterende oliefyr og naturgaskedler (resten ventes udskiftet til intelligente varmepumper), vil udledningen af drivhusgasser fra boligopvarmningen blive reduceret med mindst 1,3 mio. tons CO2om året. Miljøforbedringen bliver endnu større i det omfang, naturgasbaserede mikrokraftvarmeanlæg overgår til gasser, der er produceret med vedvarende energi.

Brændselscellesystemer til køretøjer vil også bidrage til en mere effektiv udfasning af benzin og diesel i landtransport, der i disse år tegner sig for en stigende andel af den danske CO2-forurening. Det hænger sammen med, at de kan give biler med miljøvenlige brændsler større rækkevidde og hurtigere optankning end elbiler med batteri.