Programmet Fuel Cells and Hydrogen Joint Undertaking, FCH JU, har opdelt indsatsen indenfor brint og brændselsceller i 5 overordnede kategorier. 

• Transport & infrastruktur for brintoptankning 
• Produktion og distribution af brint
• Produktion af elektricitet i stationære systemer & CHP 
• Tidlige markeder
• Tværgående aktiviteter (indebærer standardiseringer, socioøkonomiske analyser, markedsstøtte mv.)

Den overordnede målsætning for de ovenstående områder er at forkorte vejen frem mod markedet (se nedenstående figur). Det er målsætningen at sikre det kommercielle fokus ved at matche resultater indenfor forskning og udvikling med industriens behov og udvikling. Derved sikres et fokus på slutproduktet, som vil medvirke til at føre teknologierne ud i praktisk anvendelse i samfundet.